Perjalanan BepiColombo dari Bumi dimulai pada Oktober 2018, dan masih jauh dari selesai. BepiColombo akan melakukan perjalanan dua kali mengelilingi matahari dalam waktu yang dibutuhkan Merkurius untuk mengorbit matahari tiga kali atau ekitar 264 hari, yang memungkinkannya bertemu dengan planet ini untuk kunjungan berikutnya pada 23 Juni 2022.

Setelah enam kali terbang melintasi Merkurius, efek kumulatif dari gravitasi planet akan mengurangi kecepatan pesawat ruang angkasa ke titik di mana ia dapat jatuh ke orbit dengan Merkurius sekitar akhir tahun 2025. BepiColombo sebenarnya terdiri dari dua pesawat ruang angkasa yang terhubung dan unit propulsi. Selama pelayarannya melalui ruang antarplanet, pengorbit Eropa (disebut Mercury Planetary Orbiter atau MPO) terpasang di satu sisi ke unit propulsi antarplanet (atau Mercury Transfer Module).

Di sisi lain, BepiColombo membawa pengorbit Jepang bernama Mio atau Mercury Magnetospheric Orbiter, ditambah pelindung matahari untuk mencegah Mio terlalu panas. Konfigurasi bertumpuk ini menghalangi bukaan di mana kamera tampak, inframerah, dan sinar-X canggih di dalam MPO, yang mampu mencitrakan dan menganalisis permukaan Merkurius dengan sangat rinci. 

Faktanya, sebagian besar instrumen sains BepiColombo akan tidak berfungsi seluruhnya atau sebagian hingga setiap pengorbit dibebaskan, sekitar Desember 2025. Sampai tahap yang relatif terlambat dalam perencanaan misi, diterima bahwa BepiColombo akan tetap terbang tanpa arah, yang berarti tidak ada gambar yang akan tersedia sampai orbit di sekitar Merkurius tercapai.