REPUBLIKA.CO.ID, JAKARTA -- Para peneliti masih kesulitan menemukan kisah asal usul SARS-CoV-2. Hal ini karena kurangnya akses ke informasi dari China tempat kasus pertama kali muncul.
Sekarang, seorang peneliti di Seattle telah memulihkan file yang dihapus dari Google Cloud. File ini menyimpan 13 sekuens genetik parsial untuk beberapa kasus awal COVID-19 di Wuhan, dilansir di Live Science, Kamis (24/6).
Sekuens (urutan DNA) tidak condong pada salah satu teori tentang bagaimana SARS-CoV-2 muncul. Namun, temuan ini menegaskan gagasan bahwa virus corona baru penyebab covid-19 beredar lebih awal dari pasar makanan laut.
Untuk menentukan dengan tepat bagaimana dan dari mana virus itu berasal, para ilmuwan perlu menemukan apa yang disebut virus progenitor, asal muasal semua strain lain diturunkan.
Hingga saat ini, sekuens paling awal terutama adalah sampel dari kasus di Pasar Makanan Laut Huanan di Wuhan. Lokasi ini awalnya dianggap sebagai tempat pertama kali virus corona muncul pada akhir Desember 2019.
Namun, kasus awal Desember dan November 2019 ternyata tidak memiliki hubungan dengan pasar. Ini menunjukkan cukup awal dalam pandemi bahwa virus muncul dari tempat lain.
Urutan genetik
Ada satu masalah yang mengganggu dengan urutan genetik pertama itu. Kasus-kasus ditemukan di pasar itu termasuk tiga mutasi yang hilang dalam sampel virus kasus yang muncul beberapa minggu kemudian di luar pasar.
Virus yang kehilangan ketiga mutasi tersebut lebih cocok dengan virus corona yang ditemukan pada kelelawar tapal kuda. Para ilmuwan relatif yakin bahwa virus corona baru entah bagaimana muncul dari kelelawar, jadi masuk akal untuk berasumsi bahwa progenitor juga akan kehilangan mutasi tersebut.
Sekarang, Jesse Bloom dari Howard Hughes Medical Institute di Seattle telah menemukan sekuens yang dihapus, kemungkinan beberapa sampel paling awal, yang juga tidak memiliki mutasi tersebut.
"Mereka tiga langkah lebih mirip dengan virus corona kelelawar daripada virus dari pasar ikan Huanan," kata Bloom.
Data baru ini mengisyaratkan bahwa virus itu beredar di Wuhan jauh sebelum muncul di pasar makanan laut.
"Fakta ini menunjukkan bahwa sekuens pasar, yang merupakan fokus utama epidemiologi genom dalam laporan bersama WHO-China tidak mewakili virus yang beredar di Wuhan pada akhir Desember 2019 dan awal Januari 2020," tulis Bloom dalam makalahnya yang diunggah pada Selasa (22/6) ke database pracetak bioRxiv.
Data yang hilang
Sekitar setahun yang lalu 241 sekuens genetik dari pasien virus corona telah hilang dari database online bernama Sequence Read Archive yang dikelola oleh National Institutes of Health (NIH).
Bloom memperhatikan sekuens yang hilang ketika dia menemukan spreadsheet dalam sebuah penelitian yang diterbitkan pada Mei 2020 di jurnal PeerJ di mana penulis mencantumkan 241 sekuens genetik SARS-CoV-2 hingga akhir Maret 2020.
Sekuens adalah bagian dari proyek Universitas Wuhan yang disebut PRJNA612766 dan diduga diunggah ke Sequence Read Archive. Dia mencari database arsip untuk sekuens dan mendapat pesan "Tidak ada item yang ditemukan".
Penyelidikannya mengungkapkan bahwa sekuens yang dihapus telah dikumpulkan oleh Aisu Fu dan Rumah Sakit Renmin Universitas Wuhan. Pracetak penelitian yang diterbitkan dari sekuens tersebut (Wang et al. 2020) menunjukkan sekuens ini berasal dari sampel usap hidung dari pasien rawat jalan dengan suspek COVID-19 di awal epidemi.
Bloom tidak dapat menemukan penjelasan mengapa sekuens itu telah dihapus, dan emailnya ke kedua penulis terkait untuk menanyakan hal ini tidak mendapat tanggapan.
"Tidak ada alasan ilmiah yang masuk akal untuk penghapusan: sekuensnya sangat sesuai dengan sampel yang dijelaskan dalam Wang et al. (2020a,b)," tulis Bloom dalam bioRxiv.
Tidak ada koreksi pada makalah tersebut. Makalah tersebut menyatakan persetujuan subyek manusia telah diperoleh. Sekuens tidak menunjukkan bukti plasmid atau kontaminasi sampel ke sampel. Oleh karena itu ia menyimpulkan, tampaknya sekuens tersebut dihapus untuk mengaburkan keberadaan mereka.
Bloom mencatat beberapa keterbatasan pada penelitiannya, terutama bahwa sekuensnya hanya sebagian dan tidak menyertakan informasi untuk memberikan tanggal atau tempat pengumpulan yang jelas. Padahal ini adalah informasi penting untuk melacak virus kembali ke asalnya.
Terlepas dari itu, Bloom berpikir bahwa melihat lebih dalam pada data yang diarsipkan dari NIH dan organisasi lain dan menyatukan sekuensnya, dapat membantu memberikan gambaran yang lebih jelas tentang asal dan penyebaran awal SARS-CoV-2, semuanya tanpa perlu studi lapangan di China.
Ikuti Whatsapp Channel Republika